Земская реформа и местное самоуправление
С ликвидацией наместников по земской реформе 1555-1556 гг. платимый населением в их пользу налог («кормовой оброк») поступал в ведение так называемых «кормленых» дьяков Казенной, Посольской и Поместной «изб».
В 60-70-е гг. этим стали заниматься особые «избы» — так называемые «четверти», или «чети». Несмотря на то, что во главе четей по-прежнему стояли деятели других приказов, постепенно чети становятся самостоятельными финансовыми приказами, которым подчинялись определенные территории в финансовом и в административно-судебном отношении.Помимо четей, территориальный характер носили приказы, созданные для управления вновь присоединенными к России областями. После взятия Казани и Астрахани был организован Приказ Казанского дворца. Такого же рода учреждение было задумано в ходе Ливонской войны для присоединенных земель Прибалтики. Оно получило название Городового приказа, так как занималось в основном укреплением ливонских городов. Приказ был ликвидирован после потери временно завоеванных территорий.
Особую группу составляли судебно-полицейские приказы. Разбойный приказ ведал вновь созданным и губными органами на территории государства («губа» —уголовно-полицейский округ), утверждал в должности выборных губных старост и их помощников, санкционировал приговоры губных органов при рассмотрении дел, связанных с разбоем и татьбой, был второй судебной инстанцией при рассмотрении подобных дел на территории всего государства, кроме Москвы и Московского уезда. Последние в этом отношении находились в ведении Земского приказа, осуществлявшего полицейские функции в Москве.
В конце XVI в. была создана и группа судебных приказов. Судом служилых людей определенной территории, не подсудных местным властям по указу 1549 г., ведали Московский, Владимирский, Дмитровский, Казанский судные приказы. Приказ холопьего суда ведал делами о поступлении в холопство, сыском беглых холопов и др.
Челобитный приказ занимался приемом и разбором челобитных на имя царя от дворян и детей боярских. Поскольку приказ принимал апелляционные жалобы на решения должностных лиц и государственных учреждений, то он являлся своеобразным контрольным органом государства, и руководство им давало человеку огромную власть. Неслучайно с самого своего появления Челобитная изба возглавлялась Алексеем Адашевым.
Всем комплексом вопросов, связанных с организацией ямской службы, заведовал Ямской приказ.
После учреждения на Руси патриаршества в 1589 г. претерпело изменения и церковное устройство. Высшим органом по делам церкви оставался Освященный собор, выбиравший пожизненно патриарха всея Руси — главу всей церковной организации, В конце XVI в. при патриархе возник особый «двор» со своими должностными лицами: казначей, бояре, стольники, дети боярские, дьяки. Через этот аппарат патриарх осуществлял общее руководство церковными делами и имуществом церкви. За соблюдением церковных догматов надзирала Тиунская изба, созданная при патриаршем «дворе» в конце XVI в.