Виды смертной казни закон не определяет: они определяются в приговоре суда (статья 20).
Статьи 34—61 определяют исправительные наказания, которые подразделяются по тяжести на семь родов, рода — на степени и меры.
Так же, как и при определении уголовных наказаний, для лиц непривилегированных сословий дополнительно применялись телесные наказания.Статьи 67—71, кроме общих мер наказания, определяют особенные наказания за преступления и проступки по службе. Эти дисциплинарные взыскания могли быть назначены судебным приговором или решением администрации учреждения.
Статьи 72—95 говорят о возможности замены одних наказаний другими и определяют основания и порядок такой замены. Статья 73, например, устанавливает порядок замены смертной казни по воле императора, так называемой политической смертью. Уложение не включает этого наказания в перечень основных. Политическая смерть влекла за собой каторгу и лишение всех прав состояния. Отличие заключалось в специальном обряде и важном психологическом моменте: осужденный не знал о замене наказания и находился в ожидании смертной казни.
Глава третья (статьи 96—156) регламентирует порядок определения наказаний, обстоятельства, устраняющие уголовную ответственность, отягчающие и смягчающие вину, назначение наказания за различные стадии совершения преступления, при соучастии, право суда определять меру наказания в зависимости от различных обстоятельств. Статья 96 содержит важнейший принцип, типичный для буржуазного уголовного права, — наказание за преступления и проступки должно определяться не иначе как на точном основании закона.
Статья 97 формулирует другие очень важные положения, также типичные для буржуазного уголовного законодательства, — доказанность преступного деяния и виновность как необходимые основания наступления уголовной ответственности. Статья повторяет определение стадий совершения преступления и говорит о наказании (в случаях, если на это прямо указано в законе) голого умысла, приготовления к преступлению и покушения на преступление.
Ранее действовавшее в России законодательство разрешало при отсутствии совершенных доказательств, необходимых для осуждения подсудимого, оставлять последнего в подозрении и применять к нему в этом случае определенные меры наказания (отдача в военную службу, ссыптка на поселение и др.).Статья 98 впервые в уголовном законодательстве России дает перечень всех обстоятельств, устраняющих наступление уголовной ответственности (например, устраняет наказуемость случайного деяния, малолетство и т. д.). Последующие статьи (99— 109) подробнее раскрывают содержание указанных в статье 98 уголовно-правовыкжститутов. Статья 100 устанавливает возраст (7 лет) наступления уголовной ответственности, практически же Уложение вводило наступление ответственности с десятилетнего возраста (статья 143).
Статьи 107—109 подробно определяют содержание института необходимой обороны. Под необходимой обороной понимаются насильственные действия в отношении лица, совершившего нападение на обороняющегося, или на третьих лиц, или на женщину, посягая на ее целомудрие и честь. Причинение вреда принеобходимой обороне признается ненаказуемым.