При префекте существовал Генеральный совет департамента в количестве 16—24 членов, назначенный
Во главе каждого из 402 округов стояли супрефекты.
Они не имели никакой собственной власти и были обязаны исполнять указания префектов. При супрефектах состояли окружные советы из 11 членов, назначенных первым консулом. Главная функция окружных советов — обеспечение бесперебойного сбора налогов на своей территории.В каждой коммуне существовал мэр, назначенный первым консулом, и муниципальный совет, члены которого назначались префектом. Кроме того, в городах с населением свыше 5 тыс. человек существовал комиссар полиции. Париж был разделен на 12 муниципальных округов, во главе каждого из которых стояли мэры и два их помощника.
Отказ от выборности местной администрации означал еще один серьезный шаг к ликвидации республики и фактическому возвращению к авторитарным и бюрократическим методам управления, характерным для дореволюционной абсолютистской Франции.
Опасаясь злоупотреблений со стороны всевластного и бесконтрольного чиновничье-бюрократического аппарата, творцы Конституции 1799 г. предоставили Государственному совету право издавать распоряжения, относящиеся к деятельности публичной администрации в тех случаях, когда появляется необходимость «разрешать затруднения, возникающие в административной деятельности». Несколько позднее в развитие этой идеи были учреждены Советы префектур, наделенные правом рассматривать административные споры на уровне департаментов. Тем самым были заложены основы столь характерной для Франции административной юстиции — особой разновидности судебных органов, рассматривающих дела чиновников.
В целом Конституция 1799 г. знаменовала собой окончательный отказ от принципов разделения и равновесия властей. Созданная ею конституционная система была построена на сильной исполнительной власти, поставившей законодательную власть в полную от себя зависимость.
С принципом народного суверенитета фактически было полностью покончено. Смысл новой Конституции был определен одним из ее авторов следующим образом: «Невежественный класс не будет отныне оказывать влияния ни на законодательство, ни на правительство; все делается для народа и во имя народа, но ничто не делается его собственными руками и под его неразумную диктовку».Авторитарный режим, установленный в период Консульства, был несовместим со свободой печати. Указом 17 января 1800 г. из 73 газет, издаваемых в Париже, было закрыто сразу 60. К концу 1800 г. выходили лишь 9 газет. Позднее их количество было сокращено до 8, и по одной газете издавалось в каждом из департаментов. Критика режима в прессе была строжайше запрещена, она рассматривалась как посягательство на общественное согласие, на суверенные права народа, на славу армии.
Режим личной власти позволил Наполеону, с одной стороны, разгромить остатки якобинского движения, а с другой стороны — обезвредить роялистов, не оставлявших надежд на монархическую реставрацию (наиболее яркий пример действий Наполеона в этом плане — поимка и расстрел герцога Энгиенс-кого, родственника Бурбонов из дома Кондэ).