Департамент военных дел (его возглавил генерал Г.
Главы департаментов (государственные секретари или министры) составляли высший эшелон исполнительной власти, работавший под руководством президента. Правительства как такового реально не существовало — решения принимались единолично либо президентом, либо соответствующим государственным секретарем в рамках его компетенции. Совместные заседания государственных секретарей стали практиковаться с 1791 г., но оставались редкими и нерегулярными. Федеральный аппарат исполнительной власти был весьма немногочисленным — в 1790 г. во всех его департаментах несли службу не более 350 чиновников.
24 сентября 1789 г. был принят закон о судоустройстве, который действует и поныне; заложенные в нем принципы судоустройства остаются неизменными. Федеральная судебная система действовала самостоятельно и организационно не была связана с судебными системами отдельных штатов. Судей федеральных судов всех уровней назначал президент по согласованию с сенатом.
Большое внимание в законе 1789 г. уделялось Верховному суду США. В состав Верховного суда США входили главный судья и 5 ассоциированных членов (впоследствии численный состав Верховного суда несколько раз менялся, но с 1869 г. остается неизменным — 9 чел.). Юрисдикция Верховного суда была значительно расширена; эта юрисдикция приобрела новую качественную характеристику. Верховному суду было предоставлено право издавать особые исполнительные приказы (mandamus), обязательные для исполнения не только нижестоящими судебными инстанциями, но и всеми органами исполнительной власти, включая президента и государственных секретарей.
Кроме того, Верховный суд получил право нуллифицировать (признавать ничтожным) любой закон, отклоняющийся в своем содержании от предписаний и принципов федеральной Конституции. В свое время эту позицию решительно отстаивал А. Гамильтон. «Если между Конституцией и законом, — писал он, — окажется непримиримое противоречие, Конституцию нужно предпочесть закону, намерение народа — намерению представителей народа. Это не предполагает верховенства судейского органа над законодателем. Всякий раз, когда данный закон противоречит Конституции, суды обязаны отдавать предпочтение последней и оставлять без внимания первый».Следующим звеном федеральной судебной системы являлись окружные суды. Количество судебных округов равнялось трем; в каждом из них создавался суд в составе трех судей, которые были не постоянными, а разъездными: они приезжали в свой округ для работы в течение очередной судебной сессии.
Третий, низший уровень федеральнойюстиции составляли районные суды.